在跨境理財通下，投資者進行投資必需透過互相配對的匯款專戶及投資專戶進行。

以在香港開戶的南向通投資者來説，投資者需在中國內地銀行持有一個用作跨境理財通匯款的戶口（匯款專戶）及在其香港合作銀行開設一個專門用作跨境理財通投資的戶口（投資專戶）。

兩個戶口需互相配對並建立資金閉環管理：即確保匯款專戶是投資專戶內南向通投資本金來源的唯一賬戶和南向通資金原路匯回的唯一賬戶。南向通投資者如要取回投資專戶內的本金或收益，只需將款項經原路匯回已配對的匯款專戶便可提取。